Wahrscheinlich hat die eigentliche Haydn-Wohnung das erste Stockwerk umfasst. Das Erdgeschoss war vermutlich dem Diener und Notenkopisten des Komponisten, Johann Elßler vorbehalten, dem Vater der gefeierten Tänzerin Fanny Elßler. Für das Haydn-Jahr 2009 wurde das Haydnhaus umfangreich neu gestaltet.

Im Mittelpunkt der Dauerausstellung "Haydns letzte Jahre" stehen seine Musik, seine Lebensweise und sein Altwerden. Auch seine zahlreichen Besucher kommen zu Wort, und sowohl Haydns Fortepiano als auch sein Klavichord sind ausgestellt. Der Garten wurde rekonstruiert wie zu Zeiten Haydns. Dieses "Kuchlgartl" ist heute eine grüne Oase mitten in der Stadt.

Da der Komponist Johannes Brahms (1833 – 1897) zu den glühendsten Bewunderern Haydns gehörte und um das Andenken seines großen Vorbilds bemüht war, befindet sich auch eine Brahms-Gedenkstätte im Haydn-Haus.

Napoleon (damals Belagerer Wiens!) postierte als großer Bewunderer Haydns im Mai 1809 vor dem Haus des sterbenden Komponisten eine Ehrenwache. Das Museum ist ein Muss für Haydn-Fans!