În criptă sunt depuse oseminte începând cu anul 1633. Aici şi-au găsit liniştea de veci 149 de membri ai Casei Habsburg, între alţii 12 împăraţi şi 19 împărătese şi regine. Somptuosul sarcofag dublu creat pentru Maria Theresia şi pentru consortul ei, Împăratul Franz I, Stephan von Lothringen este opera lui Balthasar Ferdinand Moll.

Faţă de acesta, sicriul simplu al fiului lor, Împăratul Joseph II. formează un contrast puternic. Ultimul împărat care şi-a găsit aici locul de veci a fost Franz Joseph I. (1916). În această criptă îngrijită de călugării capucini se găsesc şi sarcofagele Împărătesei Elisabeth şi a Prinţului Moştenitor Rudolf. Între anii 1654 şi 1878 inimile Habsburgilor au fost îngropate în Cripta Inimilor (Herzgruft) din Biserica Augustinerkirche.

În Cripta Capucinilor au loc înmormântări până în zilele noastre. Aici a fost îngropată în anul 1989 Zita, ultima Împărăteasă a Austriei. Şi tot aici şi-a găsit locul de veci la 16 iulie 2011 primul ei fiu, fostul Prinţ Moştenitor şi politicianul european, Otto Habsburg, împreună cu soţia lui, Regina.