Pohřbívá se do ní od roku 1633. Místo posledního odpočinku v ní nalezlo 149 Habsburků, z toho 12 císařů a 19 císařoven a královen. Nádherný dvojitý sarkofág pro Marii Terezii a jejího chotě, císaře Františka I. Štěpána Lotrinského, je dílem Balthasara Ferdinanda Mollse.

Ostře s ním kontrastuje prostá rakev jejich syna Josefa II. Posledním zde pochovaným císařem byl František Josef I. (1916). V hrobce, o kterou pečují kapucíni, jsou uloženy také sarkofágy císařovny Alžběty a korunního prince Rudolfa. Srdce Habsburků byla v letech 1654 až 1878 pochovávána v tzv. hrobce srdcí v augustiniánském kostele.

Pohřby se v císařské hrobce konají dodnes. V roce 1989 zde byla pohřbena poslední rakouská císařovna Zita a 16. července 2011 zde spočinul také její nejstarší syn, bývalý korunný princ a evropský politik Otto Habsburský, který je v hrobce pochován se svojí manželkou Reginou.