Krypta Cesarska (Krypta Kapucyńska)
Pierwszy z nich został tu pochowany w roku 1633. Miejsce spoczynku znalazło tu 149 Habsburgów, w tym 12 cesarzy oraz 19 cesarzowych i królowych. Okazały podwójny sarkofag Marii Teresy i jej małżonka, cesarza Franciszka I Stefana Lotaryńskiego, jest dziełem Balthasara Ferdinanda Molla.
Z sarkofagiem tym silnie kontrastuje skromna trumna ich syna Józefa II. Ostatnim pochowanym tu cesarzem był Franciszek Józef I (1916). W Krypcie Cesarskiej, którą opiekują się Kapucyni, znajdują się również sarkofagi cesarzowej Elżbiety i arcyksięcia Rudolfa. Serca Habsburgów, którzy zmarli w latach 1654-1878, zostały pochowane w Krypcie Serc (Herzgruft) w kościele św. Augustyna (Augustinerkirche).
Krypta Cesarska do dzisiaj stanowi miejsce pochówku: W roku 1989 pochowano tu Zytę, ostatnią cesarzową Austrii. A 16 lipca 2011 stała się miejscem spoczynku jej najstarszego syna, byłego arcyksięcia i polityka-europeisty, Ottona Habsburga, pochowanego tu wraz z małżonką Reginą.