Погребения в склепе проводятся с 1633 года. 149 членов династии Габсбургов, в том числе 12 императоров и 19 императриц и королев, нашли здесь свое последнее пристанище. Роскошный двойной саркофаг Марии Терезии и ее супруга, императора Франца I Стефана Лотарингского, является работой скульптора Бальтазара Фердинанда Моля.

В ярком контрасте с ним находится простой гроб ее сына Иосифа II. Последним императором, погребенным здесь, является Франц Иосиф I (1916 год). В склепе Капуцинов также находятся саркофаги императрицы Элизабет и кронпринца Рудольфа. С 1654 по 1878 год сердца Габсбургов хранились в Августинской церкви.

Погребения в Императорском склепе проводятся и в наше время: в 1989 году здесь была погребена последняя австрийская императрица Зита. А 16 июля 2011 года свое последнее пристанище нашел здесь ее старший сын, бывший кронпринц и европейский политик Отто Габсбург, похороненный рядом со своей супругой Региной.