La tradizione di seppellire i regnanti nella cripta ebbe inizio nel 1633. 149 Asburgo, inclusi 12 imperatori e 19 imperatrici e regine, hanno trovato nella cripta la loro ultima dimora. Il meraviglioso doppio sarcofago creato per Maria Teresa e il suo sposo, l'imperatore Francesco I Stefano di Lorena, è un'opera di Balthasar Ferdinand Moll.

In netto contrasto con la maestosa opera spicca lo snello sarcofago del figlio, Giuseppe II. L'ultimo imperatore sepolto qui fu Francesco Giuseppe I (1916). Anche i sarcofaghi dell'imperatrice Elisabetta e del principe ereditario Rodolfo si trovano nella cripta, della quale si prendono cura i frati cappuccini. Dal 1654 al 1878 nella Cripta dei cuori della Chiesa degli Agostiniani vennero inumati i cuori degli Asburgo.

Dopo di allora vennero inumati nella Cripta degli Imperatori, fino ai tempi nostri: nel 1989 venne sepolta qui Zita, l'ultima imperatrice austriaca. E il 16 luglio 2011 ha trovato qui la sua ultima dimora anche il suo figlio maggiore, l'ex principe ereditario e parlamentare europeo Otto Habsburg, insieme alla moglie, Regina.