La Crypte impériale (Crypte des Capucins)
Les membres de cette famille y sont enterrés depuis 1633. 149 Habsbourg, dont 12 empereurs et 19 impératrices et reines ont trouvé ici le repos éternel. Le magnifique tombeau double de Marie Thérèse et de son époux l'empereur François Ier du Saint Empire, est l'oeuvre de Balthasar Ferdinand Moll.
Le tombeau très épuré de leur fils Joseph II. Le dernier empereur enterré ici est l'empereur François Joseph Ier (1916). Les tombeaux de l'impératrice Élisabeth et du prince héritier Rodolphe se trouvent dans la crypte des Capucins. De 1654 à 1878, les coeurs des Habsbourgs ont été enterrés dans la crypte de l'église des Augustins.
Aujourd'hui encore, des enterrements ont lieu dans la crypte impériale. En 1989, la dernière impératrice d'Autriche, Zita a été enterrée ici. Le 16 juillet 2011, c'est son fils ainé, l'ancien prince héritier et homme politique européen Otto Habsbourg qui a trouvé ici sa dernière demeure aux côtés de sa femme Régina.