1155 wurde das Schottenstift gegründet. Seit damals ist es Heimat für Benediktinermönche. Anfangs waren es noch Benediktiner aus Irland, das damals "Scottia major" ("Großschottland") hieß. Daraus leitet sich der heutige Name ab. Das Museum, das in den Räumen der ehemaligen Abtwohnung eingerichtet ist, beherbergt wahre sakrale Schätze. Allen voran die Tafeln des so genannten Schottenaltars, eines Hauptwerks der gotischen Tafelmalerei. Der namentlich unbekannte Künstler dürfte aus Nürnberg zugewandert sein. Auf zwei der Tafeln sieht man, wie Wien um 1470 ausgesehen hat. Damit sind es die ältesten topographischen Darstellungen der Stadt.

Weitere bedeutende Ausstellungsstücke sind eine Tafel von Peter Paul Rubens, frühe niederländische Landschaftsbilder und ein Bild des österreichischen Barockmalers Franz Anton Maulbertsch. Ergänzt wird der Bestand durch wertvolle alte Möbel, liturgisches Gerät, kostbare liturgische Gewänder, Bücher, Handschriften und Urkunden.

Der Eintritt ins Museums erfolgt über den Klosterladen.