Desde 1633 en esta cripta se ha dado sepultura a 149 de los Habsburgo, de los cuales 12 emperadores y 19 emperatrices y reinas han encontrado en ella su último lugar de descanso. El magnífico sarcófago doble de María Teresa y su esposo, el emperador Francisco I Esteban de Lorena, es obra de Balthasar Ferdinand Molls.

Contrasta enormemente con el sencillo féretro de su hijo, José II. El último emperador en ser enterrado aquí fue Francisco José I. (1916). También el sarcófago de la Emperatriz Sisí y el del príncipe heredero Rodolfo se encuentran en la cripta a cargo de los monjes capuchinos. De 1654 a 1878, los corazones de los Habsburgo se enterraron en la Cripta de los Corazones de la Iglesia de San Agustín.

Los entierros se han venido celebrando en la Cripta Imperial hasta nuestros días: En 1989, Zita, la última emperatriz austriaca, fue enterrada aquí. Y el 16 de julio de 2011 su hijo mayor, el príncipe heredero y político en Europa, Otto Habsburg, y su esposa Regina encontraron también aquí su último lugar de descanso.