Etwas ungewöhnlich ist es schon: eine mittelalterliche Kapelle in einer U-Bahn-Station. Doch die Virgilkapelle wurde just im Zuge des U-Bahnbaues 1973 entdeckt und ist Teil der U3/U1-Station Stephansplatz. Nach langer Renovierung wurde sie im Dezember 2015 neu eröffnet. Die Kapelle entstand ursprünglich um 1220/30 als Unterbau für einen geplanten Kapellenbau in frühgotischem Stil. Um 1246 stattete man die Kapelle mit Fugenmalereien und Radkreuzen in den Nischen aus. Darüber wurde später die Maria-Magdalena-Kirche errichtet. Sie exisitiert heute nicht mehr, aber der Grundriss ist im Straßenpflaster des Stephansplatzes noch heute sichtbar. Der ursprüngliche Bau diente einer reichen Wiener Kaufmannsfamilie als Andachtskapelle. Unter anderem wurde sie mit einem Altar für den heiligen Virgil ausgestattet (daher der Name).

Im Nebenraum der Virgilkapelle ist nun eine kompakte Dauerausstellung zum mittelalterlichen Wien eingerichtet. Im Zentrum stehen die Kapelle selbst, ihre Entstehung und mögliche Nutzung, aber auch ihre Lage im Schatten des Stephansdoms. Einen Schwerpunkt bildet die räumliche Entwicklung Wiens ausgehend von den römischen Wurzeln bis ins 16. Jahrhundert.