Bastante poco habitual es el hecho de que una capilla de la Edad Media se encuentre sobre una estación de metro; sin embargo, esta se descubrió durante los trabajos de construcción del metro, en 1973, y forma parte de la estación Stephansplatz, por donde pasan las líneas U3 y U1. Tras largas labores de restauración, se reabrió en diciembre de 2015. La capilla data de alrededor de 1220-30, y fue concebida como subestructura para la posterior construcción de una capilla de estilo gótico temprano. Alrededor de 1246, los nichos se decoraron con pinturas en juntas y acabados y cruces solares. Más tarde, se construyó encima la Iglesia de Santa María Magdalena. Hoy ya no existe, pero su presencia ha quedado marcada sobre el adoquinado de la plaza de San Esteban. La construcción original servía como capilla de culto para una pudiente familia vienesa de comerciantes. Entre otras cosas, se erigió en su interior el altar para el santo San Virgilio (de ahí su nombre).

En la sala contigua a la capilla de San Virgilio, se encuentra una galería de exposiciones permanente, con la época medieval vienesa como temática. Esta se centrará en la capilla, su origen y su posible utilización, pero también en su ubicación, a la sombra de la Catedral de San Esteban. Un punto central será el desarrollo espacial de Viena, partiendo de sus raíces romanas y hasta el siglo XVI.